随着国际贸易的发展和运输服务的扩展，拼箱运输变得越来越普遍。但是，拼箱运输与整箱运输不同，它有一些特别的要求。在实际操作中，也会遇到一些问题。
1、拼箱货通常不接受指定特定船公司。船公司主要接受整箱货物的订舱，而拼箱货需通过货运代理（或部分实力较强的船公司旗下的物流公司）整合成整箱后，才能向船公司订舱。几乎所有拼箱货均通过货代公司进行“集中托运与分拨”来实现运输，华东地区的主要拼箱集散港为上海港。由于一般货代公司的货源有限，往往只能向少数几家船公司订舱，难以满足客户对特定船公司的需求。因此，在成交拼箱货时，建议避免指定船公司，以确保顺利办理托运。
2、在与客户谈生意时，一定要注意运输条款，否则客户的信用证开出来后，在安排运输时可能会发现无法满足这些条款。比如，有时候信用证规定拼箱货不能用货运代理的提单。但实际上，船公司通常不直接接受拼箱货订舱，而是把提单给货代，货代再给发货人签发提单。如果信用证不接受这种货代提单，那么实际操作中就会有问题，导致信用证不符。
另外，有时我们会遇到这样的情况：信用证要求货物必须以拼箱方式装集装箱，并且提单上要注明所有相关费用（包括拼箱处理费、码头操作费和卸货港的提货费）都已预付。这实际上是让发货人承担了本应由收货人支付的费用。这种情况通常是由于双方在谈判时没有详细讨论运输条款造成的。
3、拼箱货的计费需力求准确。工厂在交货前应确保货物重量和尺寸测量的准确性。货物送至货代指定仓库时，仓库会重新测量，并据此收费。若包装更改，应及时通知，避免因信息滞后导致报关延误或产生额外费用，如加急报关费和冲港费。
4、针对货量较小且发往偏远港口的货物，部分拼箱货代公司会设定最低收费标准，例如不足2个运费吨时按2个运费吨计费。因此，在安排此类货物运输时，需提前考虑这些因素，以避免后续不必要的成本增加。
5、在签订合同前，如果货物需要送到偏远港口或内陆地区，最好先问问船公司和货代公司是否能处理这些地方的运输，并确认相关费用。这样可以避免后续出现问题。
6、为配合政策，各地海关将加强对敏感及受商标保护商品的查验。涉及知识产权的货物，需提前填写“知识产权申报表”，并准备好相关注册商标资料或客户授权书，无论品牌归属如何。对于包含多种类型商品的单据，应详尽列出各项货名与货号，避免使用大类商品编码概括，以免在报关时引起海关质疑，导致货物被扣留。